La classification des organismes

1. L'espèce, unité de base

Une espèce est un ensemble d'individus qui se ressemblent, qui peuvent se reproduire entre eux et dont les descendants sont fertiles (capables à leur tour de se reproduire). Par exemple, le cheval et l'âne peuvent donner un mulet, mais le mulet est stérile : le cheval et l'âne sont donc deux espèces différentes.

Pour les fossiles, on ne peut pas vérifier la reproduction : on définit alors l'espèce à partir des ressemblances de forme (espèce morphologique).

2. La nomenclature binominale de Linné

Au XVIIIe siècle, le naturaliste suédois Carl von Linné généralise un système simple : chaque espèce reçoit un nom scientifique en deux mots latins (nomenclature binominale) :

• le premier mot est le nom du genre, avec une majuscule ;
• le second est le nom d'espèce, en minuscules ;
• le nom s'écrit en italique (ou souligné à la main).

Ce nom est unique et international : un botaniste japonais et un botaniste guinéen savent qu'ils parlent de la même plante.

3. Les rangs de la classification traditionnelle

Les espèces sont regroupées dans des catégories emboîtées, de plus en plus larges. Du plus petit au plus grand : espèce, genre, famille, ordre, classe, embranchement, règne.

4. Les grands ensembles du vivant

La manière de découper le vivant en grands groupes a évolué avec les connaissances :

• Linné distinguait deux règnes : animaux et végétaux ;
• en 1969, Whittaker propose cinq règnes : Monères (bactéries), Protistes, Champignons, Végétaux, Animaux ;
• en 1990, Carl Woese, grâce à l'étude des molécules (ARN), propose trois domaines : les Bactéries, les Archées (deux groupes d'êtres unicellulaires sans noyau) et les Eucaryotes (êtres dont les cellules ont un noyau : animaux, végétaux, champignons, nombreux unicellulaires).

5. Classer selon les liens de parenté : la classification phylogénétique

La classification traditionnelle classe les êtres vivants par ressemblances, mais aussi parfois par absences de caractères (par exemple, les « invertébrés » sont définis par ce qu'ils n'ont pas). Aujourd'hui, les scientifiques cherchent à construire une classification qui traduise l'histoire évolutive : c'est la classification phylogénétique.

Principes :

• deux espèces sont d'autant plus apparentées qu'elles partagent un ancêtre commun récent ;
• on repère les caractères dérivés partagés (nouveautés évolutives) : un caractère peut exister sous une forme ancestrale (primitive) et sous une forme dérivée (apparue plus tard). Seule la forme dérivée, héritée d'un ancêtre commun, prouve une parenté ;
• on regroupe les espèces qui partagent des caractères dérivés en groupes emboîtés ; un groupe qui contient un ancêtre et tous ses descendants est un groupe monophylétique (ou clade) ;
• la présence d'un caractère compte, jamais son absence.

On représente les résultats par un arbre phylogénétique : les espèces sont au bout des branches ; chaque nœud représente un ancêtre commun hypothétique ; les innovations sont placées sur les branches.

6. Placer les fossiles dans la classification

Les fossiles se classent de la même manière, à partir des caractères observables sur leurs restes (squelette, dents, coquille). Ils permettent :

• de dater l'apparition des innovations (par exemple, les premiers tétrapodes fossiles datent de la fin du Dévonien, il y a environ 370 millions d'années) ;
• de découvrir des formes intermédiaires qui réunissent des caractères de deux groupes. L'exemple le plus célèbre est *Archaeopteryx*, fossile d'environ 150 millions d'années qui possède des plumes (caractère d'oiseau) mais aussi des dents, une longue queue osseuse et des griffes aux ailes (caractères de reptile).

Attention : un fossile n'est presque jamais « l'ancêtre » direct d'une espèce actuelle ; c'est plutôt un cousin qui partage avec elle un ancêtre commun.